Le préfet de la région Bretagne est également préfet du département d’Ille-et-Vilaine, département où se trouve le chef-lieu de la région (Rennes), et préfet de la zone de défense et de sécurité Ouest.

Garant de la cohérence de l'action de l'État dans la région, le préfet de région exerce un rôle d'impulsion et d'arbitrage et est responsable de la mise en œuvre des politiques nationales au plan breton.

• Il préside le comité de l'administration régionale (CARComité de l'administration régionale), instance collégiale où s'élabore la stratégie de l'État en région et où les moyens de l'État sont répartis en fonction des priorités.
• Il arbitre la répartition des moyens alloués et dispose d'un pouvoir d'évocation.
• Il est également responsable de la stratégie immobilière de l'État dans la région.
• Le préfet de région est assisté dans l'exercice de ses fonctions d'un secrétaire général pour les affaires régionales et des chefs ou responsables des services déconcentrés des administrations civiles de l'Etat à compétence régionale.

La nouvelle organisation territoriale de la République, qui modifie notamment le périmètre de certaines régions, induit également une adaptation de l'administration territoriale de l'Etat.

En particulier, le SGARSecrétariat général pour les affaires régionales (Secrétariat Général des Affaires Régionales) est confirmé dans ses missions d'animation et de coordination interministérielle et d'impulsion des actions de modernisation. Son organisation est, de ce fait, revue à compter de 2016, avec un partage en 2 pôles :

• le premier chargé de l'animation régionale des politiques publiques et de la coordination interministérielle. Il anime à ce titre le dialogue interinstitutionnel avec les collectivités territoriales, assure le pilotage du contrat de plan Etat-Région, la coordination de la mise en oeuvre des mesures territorialisées des comités interministériels, veille à l'équilibre entre les territoires au sein de la région et à l'articulation avec et entre les départements ;
• le second est en charge de la mise en oeuvre de la charte de déconcentration, coordonnant les actions interministérielles de modernisation ainsi que la mutualisation en réseau des moyens de fonctionnement des services déconcentrés.